12 Eylül 1966 yılında açılan müze, 2011 yılında yeniden düzenlenmiştir. Müzede, Boğazköy-Hattuşa kazılarında açığa çıkan eserler sergilenmektedir.
Müze teşhir salonlarında yapılan tematik ve kronolojik sergilemede Kalkolitik, Eski Tunç, Asur Ticaret Kolonileri, Hitit Çağı, Demir Çağı (Frig), Galat, Roma ve Bizans dönemi eserleri yer almaktadır.
Bakanlığımızın girişimleri sonucunda Berlin Müzesi’nden iadesi sağlanan Boğazköy Sfenksi, İstanbul Arkeoloji Müzeleri Müdürlüğü’nde bulunan diğer Sfenksi ile birlikte 26 Kasım 2011 tarihinden itibaren Boğazköy Müzesinde sergilenmektedir.
