Hasankeyf Müzesi’nde; Ilısu Barajı ve HES Projesi kapsamında Batman, Diyarbakır, Siirt ve Mardin illeri’nde yürütülen kurtarma kazısı çalışmalarından çıkarılan eserler ile Batman, Mardin ve Diyarbakır Müzelerine satın alma ve hibe yoluyla kazandırılan eserler sergilenmektedir. Prehistorik Dönem’e ait eserler; Dicle Vadisi’nde ve Raman Dağı’nda yürütülen yüzey araştırmalarında bulunan obsidyen ve çakmaktaşı aletlerden oluşmaktadır. Neolitik Döneme ait; Diyarbakır ili, Körtiktepe Höyük, Demirköy Höyük, Hakemi Use Höyük, Karavelyan Höyük, Grikihaciyan Höyük, Salat Tepe Höyük, Kenan Tepe Höyük Kazısı; Siirt ili, Gusir Höyük; Batman ili, Hasankeyf Höyük, Hallan Çemi Höyük, Sumaki Höyük’e ait olan taş ve kemik eserler sergilenmektedir. Kalkolitik Dönem eserleri Siirt ili, Başur Höyük Kazısı’ndan çıkarılan pişmiş toprak eser grubundan oluşmaktadır. Erken Tunç Dönemi’ne ait Siirt ili, Başur Höyük Kazısı’ndan çıkarılan pişmiş toprak ve metal eserler sergilenmektedir. Orta ve Geç Tunç Dönemlerine ait Batman ili, Gre Amer Höyük, Diyarbakır Salat Tepe Höyük, Müslüman Tepe Höyük, Gre Cano Höyük Kazılarından çıkarılan pişmiş toprak ve metal eserler sergilenmektedir. Orta ve Geç Asur Dönemlerine ait Diyarbakır Gre Cano Höyük, Kavuşan Höyük, Ziyarettepe Höyük, Üçtepe Höyük; Mardin Zeviya Tivilki, Batman ili, Kuriki Höyük Kazılarından çıkarılan pişmiş toprak ve taş eserler sergilenmektedir. Erken, Orta ve Geç Demir Çağlarına ait Batman ili, Gre Amer Höyük, Çemi Alo Höyük; Diyarbakır Salat Tepe Höyük, Müslüman Tepe Höyük, Kavuşan Höyük, Ziyarettepe Höyük, Üçtepe Höyük Kazılarından çıkarılan kemik, pişmiş toprak ve metal eserler sergilenmektedir.
Pers ve Helenistik Dönemlere ait Batman ili, Gre Amer Höyük, Çemi Alo Höyük, Kuriki Höyük; Diyarbakır Kavuşan Höyük, Müslüman Tepe Höyüğe ait kemik, pişmiş toprak ve cam eserler sergilenmektedir. Roma Dönemine ait Mardin Benuva Şengi, Ilısu Höyük, Zuraki Zeri Höyük; Siirt ili, Çattepe Höyük; Diyarbakır Salat Tepe Höyük; Batman ili, Sumaki Höyük, Kuriki Höyük Kazısı’ndan çıkarılan pişmiş toprak eserler sergilenmektedir. Ayrıca, Batman Müze Müdürlüğü başkanlığında yürütülen Siirt ili, Kurtalan ilçesi, Konakpınar kurtarma kazısı çalışmalarında çıkarılan cam, metal ve pişmiş toprak eserler sergilenmektedir.
