Sultan I. Murat’ın annesi Nilüfer Hatun’un anısına 1388 yılında imarethane olarak inşa edilmiştir. 14. Yüzyıl Osmanlı mimarisinin en güzel örneklerinden biridir. Osmanlı Mimarisinde ilk kez ters “T” planlı olarak yapılmış imarettir. Bina üç sıra tuğla bir sıra taş biçiminde inşa edilmiş olup zengin ve renkli bir taş ve tuğla işçiliğine sahiptir. Yapı, kubbe ve tonozların örttüğü sütun ve payelerin taşıyıcı oldukları bir revakla başlar. Üzerinde kitabe bulunan bir kapı ile ana bölüme girilir. Ana bölüm, merkezinde bir aydınlatma feneri bulunan bir kubbe ile örtülüdür. Ana bölümden üzerleri birer kubbeyle örtülü yan mekânlara geçilir.

Nilüfer Hatun İmareti, Cumhuriyet döneminde değişik gereksinmeler için depo olarak kullanılmış ve 1960 yılında restore edilerek aynı yıl müze olarak ziyarete açılmıştır. Müzede İznik ve çevresinde toplanan prehistorik dönemden Osmanlı dönemine kadar olan çeşitli buluntular ile Ilıpınar, Roma Tiyatrosu, İznik Çini Fırınları kazılarında çıkarılan eserler yer almaktadır. Müze bahçesinde Yunan, Roma, Bizans ve Osmanlı eserleri sergilenmektedir. Bu eserler; sütun başlıkları, lahitler, kabartmalar, ambonlar, steller, yazıtlar, çörtenler ve İslami mezar taşlarından oluşmaktadır.