Müze, 1970 yılında Kubat Paşa Medresesinin, müze haline getirilmesiyle hizmete açılmış, 1999 yılına kadar burada faaliyet göstermiştir. 1999 yılından itibaren müze, Bakanlığımızca yaptırılan, 75. Yıl Tarsus Kültür Merkezi Kompleksi içerisinde müze için ayrılan bölüme taşınmış ve 2000 yılından itibaren yeni binasında hizmet vermeye başlamıştır. Üç katlı olarak planlanan müzenin, 1. katında idari bölüm ve büroları, zemin katında etnografik eser, bodrum katında ise arkeolojik eser ve sikke teşhir salonları bulunmaktadır.