Taksiyarhis Kilisesi, Ayvalık’ın ilk kilisesi olup kilisenin 3 ayrı dönemi olduğu düşünülmektedir. İlk olarak 15. Yy.’da küçük bir kilise olarak inşa edilmiştir. Bemanın üzerindeki Pavlus ve Petrus’un binanıntanrıya sunumu freskosu ile güney bahçe girişinin üzerindeki 1753 tarihli kitabe üç kubbeli iki katlı bazilikal planlı ikinci dönem yapıya ilişkin verilerdir.
Girişin üzerinde yer alan 1844 tarihli kitabeden 3. Dönem bazilika yapısının beşik tonozlu ve üst taşıyıcılarının tamamıyla ahşap olarak inşa edildiği anlaşılmaktadır. Üç nefli kiliseye batı cephesinde yer alan narteksten 3 adet ana giriş kapısıyla girilir. Kilisede orta nefte arslan betimlemeli alçı rölyefle süslenmiş ambon yer almakta olup, bu noktaya dönerbir merdivenle çıkılmaktadır.
Hz. İsa’nın yaşam hikayesinin anlatıldığı mermer ikonlarla donatılmış, gene mermer kabartma ve altın bezemeli olarak işlenmiş ikonostasisi geçince, arka bölümde apsise ulaşılmaktadır. Yapının ikinci katındaki 16 pencereli, ahşap, “U” biçimli üst galeri, kadınlar bölümü olarak yapılmış olan gynaikeiondur. Deprem nedeniyle zaman içerisinde değişik dönemlerde hasar gören binada tamir amaçlı restorasyon çalışmalarının yapıldığı ve bu dönemlerde desüslemelerinde değişiklikler yapıldığı duvar bezemelerinden ve resimlerinden gözlemlenmektedir.
1927 yılından itibaren uzun süre “Tekel Deposu” olarak kullanıldıktan sonra terkedilen yapı 2012 yılında Kültür ve Turizm Bakanlığı’nca restore ettirilmiş ve 2013 yılında “Taksiyarhis Anıt Müzesi” adıyla Balıkesir Kuva-yi Milliye Müzesi’ne bağlı birim olarak hizmete sunulmuştur.
