Müze içerisinde eser teşhiri dışında sinevizyon odası, Anadolu medrese örneklerinin minyatürleri, canlandırma odası yer almaktadır. Tek katlı, açık avlulu ve iki eyvanlı medresenin ana eyvanı içinde, bânisi Ahmet Gazi ile kime ait olduğu bilinmeyen bir mezar daha bulunmaktadır.
Milas Müzesi Müdürlüğü sorumluluk alanındaki Beçin Kalesi Ören Yeri içerisinde yer alan ve Beçin’de kitabesi günümüze ulaşmış yegane yapı olan 1375 inşa tarihli Ahmet Gazi Medresesi, restorasyon işlemleri yapılarak yeniden işlevlendirilmiş ve Milas Taş Eserler Müzesi olarak hizmet vermeye başlamıştır. Müze; 9 oda, 2 koridor ve 1 avludan oluşmaktadır. Müze içerisinde 35 adet taş eser sergilenmektedir. Sergilenen taş eserler Beylikler Dönemi ve Osmanlı Dönemi olarak ikiye ayrılarak kendi içerisinde kronolojik olarak tasnif edilmiştir. Bir medrese yapısı olan müzede; taş eserler dışında medresede eğitim ve ölü gömme geleneklerine ilişkin etnografik nitelikte eserler sergilenmektedir.
