Pammakaristos Kilisesi 1261 Latin egemenliğinin son bulmasından sonra eski kilisenin kalıntıları üzerine yeniden yaptırılmış ve kuzey bölümünde yer alan bölümü Hz. Meryem’e adanmıştır.

Doğu Roma İmparatoru VIII. Michael Palailogos’un yeğeni Michael Glabas Ducas Tarchainotes tarafından 1292 – 1294 yılları arasında yeniden onarılan yapıya ek olarak, 1315 yılında karısı Maria’nın talimatları ile kilisenin sağ tarafına Hz. İsa’ya adanan küçük bir ek kilise (parekklesion) yaptırılmıştır.

Mezar şapeli olan bu ek kilisede Maria ve Michael’in mezarları bulunmaktadır. Yapı fetihten sonra kadın manastırı olarak kullanılmış, 1455 yılında Havarium Kilisesi’nden çıkan Patrikhane buraya taşınmış ve 1586 yılına kadar Patrikhane olarak kullanılmıştır.

Osmanlı döneminde Sultan III. Murad (1574–1595) kiliseyi camiye çevirmiş ve Fethiye adını vermiştir. Yapı 1845 – 1846 yılları arasında büyük bir onarım görmüştür.

Parekklesionun bir nartex ve galerisi olup naos bölümü 2,30 m çapında bir kubbe ile örtülüdür. Yapının cepheleri son dönem Bizans mimarisinin özelliklerini yansıtmaktadır. Güney cepheyi süsleyen tuğla mimari bant üzerinde yer alan yazı şeridinde “Protostratos Michael Glabas Ducas Tarchainotes tarafından yaptırıldı” yazısı yer almaktadır. Aynı cephede Şair Philes’in bir şiiri mermer silme üzerine yazılıdır.

Parekklesionun kubbe ve duvarları 14. yy mozaikleri ile süslüdür. Apsiste Hz. İsa, Hz. Meryem ve Vaftizci Yahya’dan oluşan Deisis, kubbenin ortasında Hz. İsa, iç dilimlerde 12 Tevrat peygamberi, tonozlarda ise Azizler ve Vaftiz sahnesi tasvir edilmiştir.

İstanbul Fethiye Müzesi tadilat nedeniyle ziyarete kapalıdır.