Karahantepe, Şanlıurfa kent merkezine 55 km, mesafede, Tek Tek Dağları Milli Parkı içerisindeki kireçtaşı yükseltilerden birinin üzerinde yer almaktadır. Tek Tek Dağları, Harran ve Viranşehir ovaları arasında, en yüksek kesimi kuzeyde deniz seviyesinden 761 metre olan, güneyde ise alçalarak 500 metrenin altına düşen, 60 kilometre uzunluğunda basık bir plato görünümündedir.

Levhalar halindeki kireçtaşı yükseltiler, Karahantepe gibi çağdaşı diğer yerlerde de hem yapı malzemesi hem de T biçimli dikilitaşların yapımı için gerekli olan hammaddeyi sağlamaktadır Yüzey taramaları ve jeomanyetik ölçümler Karahantepe’de birbirinden farklılaşan dört ayrı kesime işaret etmektedir. Bunlardan ilki yüzeyde T biçimli dikilitaşların üst kısımlarının görüldüğü, hatta bu taşların dizilişi ile tanımlanan farklı büyüklüklerde, yuvarlak planlı yapıların ayırt edilebildiği Batı ve Doğu teraslardır. Yüzeyde dikilitaş benzeri kalıntıların olmadığı, daha çok öğütme taşı gibi konutlarla ilişkili buluntuların yoğunlaştığı kesim ise Güney Düzlük olarak adlandırılmıştır. Batıdaki koninin güney ve batıya doğru alçalan teraslarında T biçimli dikilitaşların çıkarıldığı yatakların bulunduğu bölüm de Taş Ocakları olarak adlandırılmıştır. Karahantepe’nin bölümlenmesine ilişkin öngörüler ağırlıklı olarak yüzeyden elde edilen arkeolojik verilere göre yapılmış olsa da mevcut topoğrafya ve ana kayanın morfolojik özellikleri de bu ayrımı teyit etmektedir.